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Title: Análisis Filogenético de Secuencias ITS Provenientes de Hongos Endófitos Utilizando Inferencia Bayesiana Paralela de Árboles con Exabayes
Los estudios ecológicos de las comunidades fúngicas se han visto favorecidos gracias a la aparición y mejora de técnicas independientes de cultivo que utilizan la región ITS como marcador molecular. Esto ha permitido una identificación más precisa en comparación con los métodos tradicionales dependientes de la cultura. Las técnicas de secuenciación de próxima generación han aumentado la cantidad de datos disponibles para la comprensión de las comunidades de hongos endofíticos. Una parte importante de este proceso es la inferencia filogenética para descifrar cómo se relacionan e interactúan los diferentes taxones, sin embargo, este puede convertirse en uno de los análisis bioinformáticos que exige más tiempo. En respuesta a esto, la bioinformática junto con la informática de alto rendimiento ofrecen soluciones para acelerar y hacer más eficientes las herramientas disponibles para el procesamiento de datos a través de la implementación de supercomputadoras y la paralelización de herramientas. En este estudio llevamos a cabo el procesamiento de secuencias ITS para luego utilizar la paralelización de Exabayes, software especializado en el análisis y creación de árboles filogenéticos. Gracias al uso de esta técnica, fue posible reducir el tiempo de ejecución de Exabayes de más de 400 horas a 6 horas, lo que demuestra los beneficios del uso de plataformas informáticas de alto rendimiento.  more » « less
Award ID(s):
1638976
NSF-PAR ID:
10180259
Author(s) / Creator(s):
; ; ;
Date Published:
Journal Name:
Revista Tecnología en Marcha
ISSN:
0379-3982
Format(s):
Medium: X
Sponsoring Org:
National Science Foundation
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  1. ; ; ; ; ( , American Antiquity)
    null (Ed.)
    Las pipas para fumar encontradas en contextos arqueológicos demuestran que los pueblos indígenas del Noroeste Pacífico de Norteamérica han fumado desde hace 4,500 años. La arqueometría y la metabolómica de residuos antiguos arrojan evidencia para la asociación de ciertas plantas con estos artefactos. En este artículo, sintetizamos investigaciones recientes y presentamos el estado de conocimiento acerca de la distribución espacial y temporal de la práctica del fumar en el pasado. La presencia de pipas de fumar, hechas de piedras, en el registro arqueológico se junta con nuestro entendimiento del uso de plantas en el pasado basado en análisis de residuos químicos para así crear un panorama de las prácticas de fumar antes del Contacto europeo. Los datos de pipas arqueológicas demuestran que el fumar fue una práctica ampliamente distribuida en la región interior del Noroeste a lo largo de varios miles de años, pero que esto no fue así en la costa. Datos de distribución—incluyendo evidencia positiva y negativa de estudios de residuos químicos—señalan que el tabaco fue una planta de fumar importante en la región ya hace cerca de 1,410 años y tan al norte como la zona intermedia del río Columbia. La metabolómica de residuos antiguos contribuye a un entendimiento más copioso del uso de plantas específicas en el pasado a través de la identificación de especies de tabaco y otras plantas indígenas, incluyendo Rhus glabra, Cornus sericia y Salvia sp., como contribuyentes de los residuos químicos en pipas antiguas. 
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  2. ; ; ( , Advances in Archaeological Practice)
    Partes importantes del registro arqueológico se guardan en manos privadas, incluyendo las de los mayordomos responsables y/o responsivos (RRS en sus mayúsculas inglés). Esta situación no necesariamente sea mala cosa. El Reconocimiento Digital Arqueológico del Ohio Central (COADS en sus mayúsculas inglés) se comprometen los RRS en un estudio colaborativo de la prehistoria de la parte central de Ohio. COADS aprovecha el cuerpo de datos de los RRS para profundizar y ampliar el registro arqueológico regional. Contamos con datos derivados a mas que 12,000 puntas cabezales diagnósticas y cerca de 5,000 otros útiles líticos procedentes de las colecciones de unas 32 RRS. Todo artefacto se escaneó como imágenes digitales en dos dimensiones (2D), y una muestra de casi 500 en tres dimensiones (3D) para análisis de hitos en la geometría morfomètrica (LGM en sus mayúsculas inglés), y análisis espacial por medio de GIS. El conjunto de datos procedentes de este proyecto cuenta con >4.7 veces el número de puntas cabezales ya registrada en el conjunto de la Oficina Estatal de la Preservación Historica (SHPO en sus mayúsculas inglés) de Ohio, arrojando luz nueva al comportamiento espacial y del uso de los útiles prehistoricos. Ademas de las investigaciónes academicas, COADS crea una colección accessible de modélos disponibles a investigadores responsables, quienquiera sean. Tal compartimiento reciprocal ayuda las comunidades profesionales y de los RRS igualmente. Los profesionales no son los unicos que estudian el pasado antiguo; lo más y mejor que nosotros colaboramos con los RRS y con otros que tengan intereses legítimos, lo mejor por el entendimiento común de eso pasado. 
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  3. ; ( , American Antiquity)
    null (Ed.)
    Durante los siglos 19 y 20, más de 450 sistemas de campos agrícolas de data pre-contacto e históricos fueron documentados en el Estado de Wisconsin. Actualmente, se ha asumido que la gran mayoría de estos registros han sido destruídos. Centrándonos en la cuenca del río Wisconsin, que posee la mayor concentración de sistemas de campos agrícolas arqueológicos conocidos, este estudio explora el potencial de uso de fotografías aéreas históricas para identificar e interpretar sistemas agrícolas arqueológicos en el Medio Oeste Superior de Estados Unidos. Basándonos en registros estatales, un archivo de imágenes aéreas de alta resolución de la década de 1930 y datos LIDAR modernos, examinamos la región que rodea 59 sitios donde se han identificados campos agrícolas. En una cuarta parte de los sitios que investigamos, identificamos exitosamente características arqueológicas conocidas y no registradas, incluidos campos agrícolas, montículos-efigie, movimientos de tierras y casas pozo, la mayoría de las cuales fueron destruidas por prácticas recientes de uso del suelo. Nuestro análisis otorga evidencia sobre la complejidad y la riqueza del paisaje arqueológico, con vastos espacios agrícolas situados más allá de los límites tradicionales del sitio, y sugiere que los campos agrícolas indígenas precolombinos e históricos pueden haber sido mucho más grandes y extensos que lo tradicionalmente reconocido. 
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  4. ; ( , American Antiquity)
    En un esfuerzo por entender el cambio social prehispánico en la escala de subcontinentes, este papel presenta datos y análisis de 351 sitios montículo de la plataforma misisipiana en Alabama, Georgia, Misisipí y Tennessee. Basado en la premisa que los sitios con montículos de la plataforma sirvieran como los centros administrativos y rituales de estructuras políticas misisipianas, nuestro estudio demuestra que las estructuras políticas en el área de estudio se subieron y se cayeron con alguna uniformidad y, en muchos casos, las nuevas estructuras políticas sucedieron a viejas en las mismas localizaciones. Nuestro trabajo expande en un análisis anterior de 47 sitios en el parte norte de Georgia y presente historias de la secuencia de ocupación para los 351 sitios. Usando un marco teórico hace a medida para procesos macroregionales y un enfoque basada en la regla para coleccionar y estandarizar datos del trabajo anterior, este estudio sirve como un ejemplo para la incorporación de otros procesos y regiones en una imagen más coherente y completa de la macroregión misisipiana. Nuestros resultados muestran que es típico para nuestra área de estudio que las estructuras políticas se repiten en ciclo, y sostenemos que la subida y la caída de las estructuras políticas es describir mejor con el uso de un marco teórico que enfatizar desplome, teoría de resistencia y panarquía. Tratando el desplome como una característica tradicional de las estructuras políticas misisipianas, podemos entender mejor la interconectividad de las estructuras políticas misisipiana a través de regiones. 
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  5. ; ; ; ( , Journal of Animal Ecology)
    Abstract Entender las respuestas de la población a perturbaciones ambientales, específicamente a pulsadas individuales, es esencial para la conservación y la gestión adaptativa. Las poblaciones de interés pueden reducirse a niveles bajas debido a la perturbación, y es necesario entender las diferencias interespecíficas en las trayectorias de recuperación para evaluar las opciones de gestión. Analizamos modelos para especies individuales para investigar los factores demográficos y de gestión que determinan los dos componentes de la ‘resiliencia’ de la población: la magnitud del impacto inicial sobre la abundancia de la población y la duración del tiempo de recuperación. Simulamos poblaciones estructuradas por edad con reclutamiento que depende de la densidad, las sometimos a una perturbación pulsada que consiste en un período de mayor mortalidad del grupo etário juvenil o de todos los grupos etários, y calculamos tanto el impacto como el tiempo de retorno. A modo de ilustración, utilizamos parámetros demográficos de un conjunto de 16 especies de peces. Formulamos el modelo como una ecuación de renovación, lo que nos permite describir matemáticamente los impactos de las perturbaciones como una convolución. También incluimos dinámicas no lineales que representan poblaciones que se recuperan hacia un estado estable; esto es más realista (en la mayoría de los casos) que los análisis previos de resiliencia en modelos lineales sin la dependencia de la densidad. Cuando la perturbación ha afectado a uno o a algunos pocos grupos etários jóvenes, la longevidad fue el principal determinante de la historia de vida del impacto y el tiempo de recuperación. Las especies de vida más corta sufrieron mayores impactos cuando fueron perturbadas porque cada grupo etáreo representa una mayor proporción de la población. Sin embargo, las especies con vidas más cortas también tuvieron tiempos de recuperación más rápidos, por la misma razón. Cuando la perturbación afectó a los grupos etários adultos, el impacto fue más inmediato y ya no se vio afectado por la longevidad de las especies, aunque se mantuvo el efecto de la longevidad sobre el tiempo de recuperación. Estos resultados mejoran nuestra comprensión de las diferencias interespecíficas de la resiliencia y aumentan nuestra capacidad para hacer predicciones con fin a la gestión adaptativa. Además, formular el problema como una ecuación de renovación y usar convoluciones matemáticas nos permite cuantificar cómo las perturbaciones con distintos lapsos de tiempo (no solo un nivel de perturbación constante e inmediato, sino niveles de perturbación que aumentan o disminuyen gradualmente) tendrían diferentes efectos sobre la resiliencia de la población: respuestas tardías para especies en las que la biomasa se concentra en grupos etários de mayor edad y para perturbaciones que se vuelven progresivamente más severas. 
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