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Title: Análisis Filogenético de Secuencias ITS Provenientes de Hongos Endófitos Utilizando Inferencia Bayesiana Paralela de Árboles con Exabayes
Los estudios ecológicos de las comunidades fúngicas se han visto favorecidos gracias a la aparición y mejora de técnicas independientes de cultivo que utilizan la región ITS como marcador molecular. Esto ha permitido una identificación más precisa en comparación con los métodos tradicionales dependientes de la cultura. Las técnicas de secuenciación de próxima generación han aumentado la cantidad de datos disponibles para la comprensión de las comunidades de hongos endofíticos. Una parte importante de este proceso es la inferencia filogenética para descifrar cómo se relacionan e interactúan los diferentes taxones, sin embargo, este puede convertirse en uno de los análisis bioinformáticos que exige más tiempo. En respuesta a esto, la bioinformática junto con la informática de alto rendimiento ofrecen soluciones para acelerar y hacer más eficientes las herramientas disponibles para el procesamiento de datos a través de la implementación de supercomputadoras y la paralelización de herramientas. En este estudio llevamos a cabo el procesamiento de secuencias ITS para luego utilizar la paralelización de Exabayes, software especializado en el análisis y creación de árboles filogenéticos. Gracias al uso de esta técnica, fue posible reducir el tiempo de ejecución de Exabayes de más de 400 horas a 6 horas, lo que demuestra los beneficios del uso de plataformas informáticas de alto rendimiento.  more » « less
Award ID(s):
1638976
PAR ID:
10180259
Author(s) / Creator(s):
; ; ;
Date Published:
Journal Name:
Revista Tecnología en Marcha
ISSN:
0379-3982
Format(s):
Medium: X
Sponsoring Org:
National Science Foundation
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  1. null (Ed.)
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  3. Partes importantes del registro arqueológico se guardan en manos privadas, incluyendo las de los mayordomos responsables y/o responsivos (RRS en sus mayúsculas inglés). Esta situación no necesariamente sea mala cosa. El Reconocimiento Digital Arqueológico del Ohio Central (COADS en sus mayúsculas inglés) se comprometen los RRS en un estudio colaborativo de la prehistoria de la parte central de Ohio. COADS aprovecha el cuerpo de datos de los RRS para profundizar y ampliar el registro arqueológico regional. Contamos con datos derivados a mas que 12,000 puntas cabezales diagnósticas y cerca de 5,000 otros útiles líticos procedentes de las colecciones de unas 32 RRS. Todo artefacto se escaneó como imágenes digitales en dos dimensiones (2D), y una muestra de casi 500 en tres dimensiones (3D) para análisis de hitos en la geometría morfomètrica (LGM en sus mayúsculas inglés), y análisis espacial por medio de GIS. El conjunto de datos procedentes de este proyecto cuenta con >4.7 veces el número de puntas cabezales ya registrada en el conjunto de la Oficina Estatal de la Preservación Historica (SHPO en sus mayúsculas inglés) de Ohio, arrojando luz nueva al comportamiento espacial y del uso de los útiles prehistoricos. Ademas de las investigaciónes academicas, COADS crea una colección accessible de modélos disponibles a investigadores responsables, quienquiera sean. Tal compartimiento reciprocal ayuda las comunidades profesionales y de los RRS igualmente. Los profesionales no son los unicos que estudian el pasado antiguo; lo más y mejor que nosotros colaboramos con los RRS y con otros que tengan intereses legítimos, lo mejor por el entendimiento común de eso pasado. 
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  4. En un esfuerzo por entender el cambio social prehispánico en la escala de subcontinentes, este papel presenta datos y análisis de 351 sitios montículo de la plataforma misisipiana en Alabama, Georgia, Misisipí y Tennessee. Basado en la premisa que los sitios con montículos de la plataforma sirvieran como los centros administrativos y rituales de estructuras políticas misisipianas, nuestro estudio demuestra que las estructuras políticas en el área de estudio se subieron y se cayeron con alguna uniformidad y, en muchos casos, las nuevas estructuras políticas sucedieron a viejas en las mismas localizaciones. Nuestro trabajo expande en un análisis anterior de 47 sitios en el parte norte de Georgia y presente historias de la secuencia de ocupación para los 351 sitios. Usando un marco teórico hace a medida para procesos macroregionales y un enfoque basada en la regla para coleccionar y estandarizar datos del trabajo anterior, este estudio sirve como un ejemplo para la incorporación de otros procesos y regiones en una imagen más coherente y completa de la macroregión misisipiana. Nuestros resultados muestran que es típico para nuestra área de estudio que las estructuras políticas se repiten en ciclo, y sostenemos que la subida y la caída de las estructuras políticas es describir mejor con el uso de un marco teórico que enfatizar desplome, teoría de resistencia y panarquía. Tratando el desplome como una característica tradicional de las estructuras políticas misisipianas, podemos entender mejor la interconectividad de las estructuras políticas misisipiana a través de regiones. 
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