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Presentamos un registro de las oscilaciones de escala milenaria de un sitio en la cuenca de Xochimilco (parte central de México) entre ca. 18000 y 5000 años cal AP, derivado de indicadores de mineralogía magnética, contenido de elementos mayores y asociación de diatomeas. La edad de la secuencia sedimentaria analizada está definida por el reconocimiento de dos marcadores estratigráficos ampliamente usados en esta región: la Pómez Tutti Frutti del Popocatépetl (ca. 17070 años cal AP) y la Pómez Toluca Superior del Nevado de Toluca (ca. 12320 años cal AP). Adicionalmente, se dispone de una edad de 14C de un concentrado de ostrácodos. Las variaciones temporales en susceptibilidad magnética (χ), abundancia de óxidos y oxihidróxidos de Fe (hematita y goethita), minerales magnéticos ultrafinos, titanio, carbón orgánico e inorgánico, así como las relaciones hierro/titanio, calcio/titanio, carbono orgánico/nitrógeno, silicio/titanio y contenido de diatomeas, indican variaciones en la erosión, origen de los minerales de Fe, salinidad, productividad y origen de la materia orgánica. Estas variaciones responden a oscilaciones climáticas de escalas milenarias. Durante la deglaciación (18000 y 11700 años cal AP), ocurrió una actividad volcánica intensa y este periodo está caracterizado por la dominancia de sedimentación clástica en un lago somero de agua dulce. Los eventos Heinich 1 (frío), Bølling/Allerød (cálido) y Younger Dryas (frío) se documentan con variaciones en la erosión, el contenido de materia orgánica y la precipitación de carbonatos. Durante el Holoceno temprano (11700–8200 años cal AP), se registraron las condiciones más secas de toda la secuencia. El Holoceno medio (8200–5000 años cal AP) registró un retorno a condiciones húmedas y el establecimiento de un lago de agua dulce, que probablemente favorecieron el desarrollo de comunidades en la ribera del lago.