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Title: Crown closure affects endophytic leaf mycobiome compositional dynamics over time in Pseudotsuga menziesii var. menziesii
Award ID(s):
2025755
NSF-PAR ID:
10373788
Author(s) / Creator(s):
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Date Published:
Journal Name:
Fungal Ecology
Volume:
57-58
Issue:
C
ISSN:
1754-5048
Page Range / eLocation ID:
101155
Format(s):
Medium: X
Sponsoring Org:
National Science Foundation
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  1. En 1954, los arqueólogos James Allen Lancaster y Don Watson, y el dendrocronólogo Edmund Schulman afirmaron que una pequeña arboleda de árboles de abeto Douglas ( Pseudotsuga menziesii [Mirb.] Franco var. glauca [Beissen.] Franco), en el Cañón Navajo en el lado oeste de Chapin Mesa, en el Parque Nacional de Mesa Verde, al suroeste de Colorado, EE. UU., contenía evidencia de ramas de árboles cortadas con una hacha de piedra. En 1965, los arqueólogos Robert Nichols y David Smith publicaron un artículo titulado “Evidencia del cultivo prehistórico de árboles de abeto Douglas en Mesa Verde,” en el que apoyan la afirmación de Lancaster/Watson/Schulman sobre la evidencia de ramas de árboles cortadas con una hacha de piedra. Ellos utilizaron las fechas en los anillos de árboles de las presuntas ramas de árboles cortadas con una hacha de piedra. Nichols y Smith, documentaron los únicos tres árboles Douglas en el Parque Nacional de Mesa Verde que contienen tallos cortados con una hacha de piedra, presentando evidencia de un manejo forestal precolombino. Nosotros intentamos replicar el trabajo de Nichols y Smith. Revisamos los documentos archivados, incluida toda la correspondencia, analizamos las muestras de anillos de árboles que estaban archivadas y muestras colectadas recientemente. Hicimos un análisis controlado y comparamos los registros archivados y publicados. Nosotros no pudimos confirmar sus resultados, por lo cual rechazamos la afirmación de que en la arboleda de Schulman ocurrió una manipulación precolombina de árboles por parte de los habitantes ancestrales de Mesa Verde. 
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  2. Holland, J. (Ed.)
    Abstract

    Douglas-fir (Pseudotsuga menziesii) is native to western North America. It grows in a wide range of environmental conditions and is an important timber tree. Although there are several studies on the gene expression responses of Douglas-fir to abiotic cues, the absence of high-quality transcriptome and genome data is a barrier to further investigation. Like for most conifers, the available transcriptome and genome reference dataset for Douglas-fir remains fragmented and requires refinement. We aimed to generate a highly accurate, and complete reference transcriptome and genome annotation. We deep-sequenced the transcriptome of Douglas-fir needles from seedlings that were grown under nonstress control conditions or a combination of heat and drought stress conditions using long-read (LR) and short-read (SR) sequencing platforms. We used 2 computational approaches, namely de novo and genome-guided LR transcriptome assembly. Using the LR de novo assembly, we identified 1.3X more high-quality transcripts, 1.85X more “complete” genes, and 2.7X more functionally annotated genes compared to the genome-guided assembly approach. We predicted 666 long noncoding RNAs and 12,778 unique protein-coding transcripts including 2,016 putative transcription factors. We leveraged the LR de novo assembled transcriptome with paired-end SR and a published single-end SR transcriptome to generate an improved genome annotation. This was conducted with BRAKER2 and refined based on functional annotation, repetitive content, and transcriptome alignment. This high-quality genome annotation has 51,419 unique gene models derived from 322,631 initial predictions. Overall, our informatics approach provides a new reference Douglas-fir transcriptome assembly and genome annotation with considerably improved completeness and functional annotation.

     
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